1、产品类型
(1) 动植物基因组survey
构建Illumina PE(250、500bp)文库,通过Illumina平台测序并进行k-mer分析、GC-depth分布分析和初步组装,评估待测物种基因组复杂情况(基因组大小、杂合率、GC含量及重复序列情况等);此外,也可通过基因组survey进行SSR标记开发等分析。
(2) 动植物基因组精细图
根据基因组复杂程度,可以分为简单基因组和复杂基因组;
简单基因组:主要指重复序列比例低于50%的单倍体或高纯合二倍体(杂合率低于0.5%),如大部分哺乳动物、鸟类等。
复杂基因组:主要指重复序列比例高于50%,杂合率大于0.5%的二倍体或多倍体,如大部分水产动物以及昆虫、林木等。
构建Illumina、10X Genomics、Pacbio文库,通过Illumina和Pacbio RS II平台测序并进行denovo基因组组装,且可结合转录组、光学图谱、HIC等获得高质量的基因组精细图并进行深度生物信息挖掘。
2、技术路线

3、技术参数
4、案例解读
游隼和猎隼全基因组测序分析捕食生活方式的进化
研究背景:作为顶级食肉动物,隼形目具有独特的形态、生理和行为适应性,使得它们能够成为成功的捕食者。游隼还被被誉为"世上最快的动物"。
研究结果:分析表明游隼和猎隼约在 210 万年前共享一个祖先,经与鸡、斑胸草雀基因组比较后,发现游隼和猎隼基因组中大片段重复相对较少,还不到基因组的 1%;转座子组成与斑胸草雀最为相似。此外,在鸡和斑胸草雀中存在的嗅觉受体 γ-c 簇基因扩张,在游隼和猎隼并不存在,研究人员认为这有可能与游隼和猎隼依赖于视觉定位猎物有关。一般所有的鸟类基因组中都存在基因损失,但游隼和猎隼的基因丢失要比基因获得严重很多。

(1) 动植物基因组survey
构建Illumina PE(250、500bp)文库,通过Illumina平台测序并进行k-mer分析、GC-depth分布分析和初步组装,评估待测物种基因组复杂情况(基因组大小、杂合率、GC含量及重复序列情况等);此外,也可通过基因组survey进行SSR标记开发等分析。
(2) 动植物基因组精细图
根据基因组复杂程度,可以分为简单基因组和复杂基因组;
简单基因组:主要指重复序列比例低于50%的单倍体或高纯合二倍体(杂合率低于0.5%),如大部分哺乳动物、鸟类等。
复杂基因组:主要指重复序列比例高于50%,杂合率大于0.5%的二倍体或多倍体,如大部分水产动物以及昆虫、林木等。
构建Illumina、10X Genomics、Pacbio文库,通过Illumina和Pacbio RS II平台测序并进行denovo基因组组装,且可结合转录组、光学图谱、HIC等获得高质量的基因组精细图并进行深度生物信息挖掘。
2、技术路线

3、技术参数
样本类型 | 样本量 | 样本纯度 | 周期 | 备注 |
---|---|---|---|---|
DNA/组织 | 250-500bp小片段PE文库:2μg | OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解,无污染 | 简单基因组:4-9个月;复杂基因组:9-15个月 | 样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输 |
3-5K大片段MP文库:10µg | ||||
5-10K大片段MP文库:40µg | ||||
10-20K大片段MP文库:60µg | ||||
Pacbio文库:10µg |
游隼和猎隼全基因组测序分析捕食生活方式的进化
研究背景:作为顶级食肉动物,隼形目具有独特的形态、生理和行为适应性,使得它们能够成为成功的捕食者。游隼还被被誉为"世上最快的动物"。
研究结果:分析表明游隼和猎隼约在 210 万年前共享一个祖先,经与鸡、斑胸草雀基因组比较后,发现游隼和猎隼基因组中大片段重复相对较少,还不到基因组的 1%;转座子组成与斑胸草雀最为相似。此外,在鸡和斑胸草雀中存在的嗅觉受体 γ-c 簇基因扩张,在游隼和猎隼并不存在,研究人员认为这有可能与游隼和猎隼依赖于视觉定位猎物有关。一般所有的鸟类基因组中都存在基因损失,但游隼和猎隼的基因丢失要比基因获得严重很多。
