Small RNA测序

Small RNA是体内一种重要的调节分子,主要包括microRNA、siRNA(small interfering RNA)、piRNA(piwi-interacting RNA)三类。 其主要功能是诱导基因沉默,参与转录后调控等,从而控制细胞生长和分化、个体发育等生物学过程。Small RNA 测序采用胶分离手段,收集样品中 18-30nt 的 RNA 片段,基于高通量测序平台,研究特定组织在特定状态下的所有已知 Small RNA,也可发现物种或组织特异 Small RNA 并预测其靶基因,为研究 Small RNA 的功能及基因调控机制提供了有力工具。

1、技术路线

2、技术参数
样本类型 样本量 样本纯度 周期 备注
RNA RNA:10ug OD260/280=1.9-2.2,RIN值≥7,23S:16S≥1.0,确保RNA无降解 35-40工作日 样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输
4、案例解读
Small RNA测序揭示三七根部发育过程中miRNA表达变化图谱
研究背景:三七中的三萜皂苷被认为是其发挥药效的主要生物活性物质,该物质的生物合成以及调节机制尚不清楚。
研究结果:本文从1龄、2龄、3龄生的三七植株根部提取RNA, 构建3个 Small RNA 文库,利用高通量测序技术,研究了不同时期的miRNAs,构建了首个三七根部发育的 miRNA 图谱,并通过差异分析,找到了与萜类化合物生物合成相关的基因,促进了对三七根部皂苷类物质的miRNA调节机制研究。


          三七中miRNAs靶向聚类及其分布
参考文献
Wei, R. et al. Identification of novel and conserved microRNAs in Panax notoginseng roots by high-throughput sequencing. BMC Genomics 16, 835, doi:10.1186/s12864-015-2010-6 (2015).