circRNA测序

circRNA是一大类非线性RNA,作为调控因子发挥着巨大作用。circRNA具有大量存在,进化保守,在细胞质中相对稳定的特点。这使得circRNA具有许多的功能,例如作为miRNA的海绵,绑定RNA形成RNA-蛋白复合物,调控基因的转录。circRNA测序能够在整体水平上解释样品中circRNA的分类信息、表达量信息等,通过分析其与miRNA的互作关系探讨ceRNA调控机制。

1、产品类型
(1) 作为ceRNA调控网络机制研究中的重要成员
(2) 从全血中检测circRNA来研究circRNA是否可以作为未来疾病诊断的标志
2、技术路线
                                                     
3、技术参数
样本类型 样本量 样本纯度 周期 备注
RNA 动物组织:>2g OD260/280=1.9-2.2,RIN值≥7.5,28S:18S≥1.0,确保RNA无降解 35-40工作日 样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输
植物组织:>4g
5-10K大片段MP文库:40µg
细胞培养:1X107
血液样品:≥2ml

4、案例解读

研究背景:利用RNA-seq技术,采用去除rRNA的方式建库分析来自6个正常组织(脑、结肠、心脏、肝、肺、胃)和7个癌症组织(膀胱尿路上皮癌、

研究结果:研究发现了67,358个潜在的circRNA,其中27,296含有至少两个unique back-spliced reads。许多circRNA在正常组织与癌症组织中具有表达差异,同时发现了一个丰富的环状RNA circHIPK3,来自 HIPK3 基因Exon2。沉默circHIPK3以后,发现人类细胞的生长受到显著的抑制。通过荧光素酶筛选实验发现,circHIPK3具有18个miRNA bind sites。circHIPK3能够直接结合 miR-124,抑制 miR-124的活性。


circRNA的表达统计及其在正常组织与癌症组织中的表达丰度
参考文献
Zheng Qiupeng, Bao Chunyang, Guo Weijie,et al. Circular RNA profiling reveals an abundant circHIPK3 that regulates cell growth by sponging multiple miRNAs[J].Nature Communications, 2016, 7.