3、技术参数
4、案例解读
研究背景：大肠杆菌O157：H7（EHEC）是一种常见的致病菌。本文使用SOLiD和Illumina测序仪通过链特异性RNA-seq方法研究该菌在11种条件下(生物及非生物)的转录情况。
研究结果：对比SOLiD和Illumina测序结果发现：表达差异较大基因的测序结果具有极高的相关性。此外，通过热图分析2026种基因的转录情况，结果发现，在LB条件下上调和下调的基因没有在其它10种条件下形成调控群，该恶劣条件使得转录呈现巨大的差异。
研究结果：分析表明游隼和猎隼约在 210 万年前共享一个祖先，经与鸡、斑胸草雀基因组比较后，发现游隼和猎隼基因组中大片段重复相对较少，还不到基因组的 1%；转座子组成与斑胸草雀最为相似。此外，在鸡和斑胸草雀中存在的嗅觉受体 γ-c 簇基因扩张，在游隼和猎隼并不存在，研究人员认为这有可能与游隼和猎隼依赖于视觉定位猎物有关。一般所有的鸟类基因组中都存在基因损失，但游隼和猎隼的基因丢失要比基因获得严重很多。
差异表达基因的热图
参考文献
Richard L, Svenja S, Steffen S,et al. Comparison of strand-specific transcriptomes of enterohemorrhagicEscherichia coliO157:H7 EDL933 (EHEC) under eleven different environmental conditions including radish sprouts and cattle feces[J].BMC Genomics, 2014,15.
| 样本类型 | 样本量 | 样本纯度 | 周期 | 备注 |
|---|---|---|---|---|
| RNA/菌体 | 2-4ml (密度约1*107个/ml，对数期或稳定初期) | OD260/280=1.9-2.2，RIN值≥7，23S:16S≥1.0，确保RNA无降解染 | 35-40工作日 | 样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输 |
| RNA：4ug |
研究背景：大肠杆菌O157：H7（EHEC）是一种常见的致病菌。本文使用SOLiD和Illumina测序仪通过链特异性RNA-seq方法研究该菌在11种条件下(生物及非生物)的转录情况。
研究结果：对比SOLiD和Illumina测序结果发现：表达差异较大基因的测序结果具有极高的相关性。此外，通过热图分析2026种基因的转录情况，结果发现，在LB条件下上调和下调的基因没有在其它10种条件下形成调控群，该恶劣条件使得转录呈现巨大的差异。
研究结果：分析表明游隼和猎隼约在 210 万年前共享一个祖先，经与鸡、斑胸草雀基因组比较后，发现游隼和猎隼基因组中大片段重复相对较少，还不到基因组的 1%；转座子组成与斑胸草雀最为相似。此外，在鸡和斑胸草雀中存在的嗅觉受体 γ-c 簇基因扩张，在游隼和猎隼并不存在，研究人员认为这有可能与游隼和猎隼依赖于视觉定位猎物有关。一般所有的鸟类基因组中都存在基因损失，但游隼和猎隼的基因丢失要比基因获得严重很多。
差异表达基因的热图
参考文献
Richard L, Svenja S, Steffen S,et al. Comparison of strand-specific transcriptomes of enterohemorrhagicEscherichia coliO157:H7 EDL933 (EHEC) under eleven different environmental conditions including radish sprouts and cattle feces[J].BMC Genomics, 2014,15.