细菌基因组测序

细菌基因组测序是对细菌基因组测序后从头组装,在组装的基础上进行基因组分析,功能注释,推测ORF是否为真实蛋白编码序列,检查功能位点,分析共有序列或特征序列、单个基因或基因间相互作用、表达调控等功能。细菌基因组测序已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制,关键功能基因发现的重要工具。主要应用于预测重要基因和蛋白的功能和可能的发生机制,鉴定致病相关基因,开发和研究疫苗及新型抗生素,研究细菌种内进化关系等。

1、产品类型
(1) 细菌基因组扫描图:
     构建Illumina PE(400bp)文库,利用Illumina(Miseq/Hiseq)平台测序,de novo组装后进行生物信息分析;
(2) 细菌基因组完成图:
     构建PacBio RS II(~10K)文库,利用Pacbio RS II平台测序,de novo 组装获得基因组完成图并进行生物信息分析;
(5)特殊极端环境:极端环境条件下的微生物类群研究。
2、技术方案
产品 测序平台 测序策略 组装指标 适用范围 项目周期
细菌框架图 illumina Hiseq PE150文库 100X / 大规模测序快速扫描 20天
细菌完成图 PacBio RSII 10K文库 100X 1 contig 0Gap 少量菌株测序精确到位 45天
3、送样要求
样本类型 样本量 样本纯度 备注
DNA/菌体 菌体样本:5g OD260/280 = 1.8-2.0
并确保DNA无降解,无污染
样品保存期间切忌反复冻融,
送样时请使用冰袋或干冰运输
扫描图基因组DNA:2μg
完成图基因组DNA:10μg
4、生物信息分析