1、产品类型
(1) 细菌基因组扫描图:
构建Illumina PE(400bp)文库,利用Illumina(Miseq/Hiseq)平台测序,de novo组装后进行生物信息分析;
(2) 细菌基因组完成图:
构建PacBio RS II(~10K)文库,利用Pacbio RS II平台测序,de novo 组装获得基因组完成图并进行生物信息分析;
(5)特殊极端环境:极端环境条件下的微生物类群研究。
2、技术方案
3、送样要求
4、生物信息分析
(1) 细菌基因组扫描图:
构建Illumina PE(400bp)文库,利用Illumina(Miseq/Hiseq)平台测序,de novo组装后进行生物信息分析;
(2) 细菌基因组完成图:
构建PacBio RS II(~10K)文库,利用Pacbio RS II平台测序,de novo 组装获得基因组完成图并进行生物信息分析;
(5)特殊极端环境:极端环境条件下的微生物类群研究。
2、技术方案
产品 | 测序平台 | 测序策略 | 组装指标 | 适用范围 | 项目周期 |
---|---|---|---|---|---|
细菌框架图 | illumina Hiseq | PE150文库 100X | / | 大规模测序快速扫描 | 20天 |
细菌完成图 | PacBio RSII | 10K文库 100X | 1 contig 0Gap | 少量菌株测序精确到位 | 45天 |
样本类型 | 样本量 | 样本纯度 | 备注 |
---|---|---|---|
DNA/菌体 | 菌体样本:5g | OD260/280 = 1.8-2.0 并确保DNA无降解,无污染 | 样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输 |
扫描图基因组DNA:2μg | |||
完成图基因组DNA:10μg |
