微生物多样性

微生物多样性测序(又称扩增子测序)是利用二/三代测序平台,对16S rDNA/18S rDNA/ITS/功能基因等特定区段PCR产物进行高通量测序,突破传统微生物不可培养的缺点,获得环境样本中的微生物群落结构、进化关系以及微生物与环境相关性等信息。

1、适用范围
(1)医学领域:常见疾病与人体微生物的关系;
(2)动物领域:肠道、瘤胃(如产甲烷菌类群)与动物健康/营养消化研究等;
(3)农业领域:根际微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落等;
(4)环境领域:雾霾处理、污水治理、石油降解、酸性矿水处理及海洋环境等;
(5)特殊极端环境:极端环境条件下的微生物类群研究。
2、技术路线
3、技术参数
送样要求 土壤:10 g;粪便:3-5 g;血液:10 mL;污泥:5-10 g;
DNA:总量 ≥ 2 μg、浓度 ≥ 20 ng/μL、1.8 < OD260/280 < 2.0
平台选择 Illumina PE250/300、PacBio平台
推荐测序量 土壤:2-3万;粪便:2-3万;肠粘膜:1-2万;胃液:1-2万;
水样:>1万;沉积物:>1万;皮肤表面:1-2万
4、生物信息分析

5、参考文献

【1】Lina Wu, Zhi Li, Shan Huang,et al.Low energy treatment of landfill leachate using simultaneous partial nitrification and partial denitrification with anaerobic ammonia oxidation[J].Environment International,2019,2.

【2】Lina Wu, Zhi Li, Chen Zhao,et al.A novel partial-denitrification strategy for post-anammox to effectively remove nitrogen from landfill leachate[J].Science of the Total Environment,2018,3.