宏基因组测序

宏基因组学(Metagenomics),也称元基因组学,利用新一代高通量测序技术(NGS)以特定环境下微生物群体基因组为研究对象,在分析微生物多样性、种群结构、进化关系的基础上,可进一步探究微生物群体功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系,发掘潜在的生物学意义。与传统微生物研究方法相比,宏基因组测序技术规避了绝大部分微生物不能培养、痕量菌无法检测的缺点,因此近年来在环境微生物学研究中得到了广泛应用。

1、适用范围
(1)医学领域:代谢病、肿瘤癌症等;
(2)畜牧领域:肠道、瘤胃(如产甲烷菌类群)与动物健康/营养消化研究等;
(3)农业领域:根际微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落等;
(4)环境领域:雾霾处理、污水治理、石油降解、酸性矿水处理及海洋环境等;
(5)特殊极端环境:极端环境条件下的微生物类群研究。
2、技术路线
3、技术参数
送样要求 土壤:10 g;粪便:3-5 g;血液:10 mL;污泥:5-10 g;
DNA:总量 ≥ 2 μg、浓度 ≥ 20 ng/μL、1.8 < OD260/280 < 2.0
平台选择 Illumina PE250/300、PacBio平台
推荐测序量 肠道/粪便 > 3G;水体3-5G;土壤/污泥 > 8G
4、生物信息分析