真菌基因组测序

真菌基因组通常较大且复杂,随着高通量测序技术的成熟,其通量高、准确率高、周期短的特点为真菌研究提供了强有力的支撑。真菌 de novo 测序主要应用于基于基因组数据进行系统发育和进化研究,研究真菌的生存机制,包括腐生、共生和寄生等,研究次级代谢产物的合成途径,分析药用活性物质及与真菌毒素代谢相关的基因。

1、产品类型
(1) 真菌基因组survey
     构建Illumina PE(~400bp)文库,通过Illumina(Miseq/Hiseq)平台测序并进行de novo基因组组装,初步获得基因组序列和功能注释信息。
(2) 真菌基因组精细图
     构建Illumina和Pacbio文库,通过Illumina和Pacbio RS II平台测序并进行de novo基因组组装,获得基因组精细图并进行深度生物信息挖掘。
2、技术参数
产品 测序平台 测序策略 组装指标 适用范围 项目周期
真菌Survey illumina Hiseq PE150文库 100X / 大量菌株框架测序估算基因组大小评估组装难度 30天
真菌精细图 PacBio RSII 10K文库100X PE150 50X 基因组<100Mb CN50*≥2Mb; 基因组≥100Mb CN50*≥500Kb 少量个体精细组装 55天
3、技术参数
样本类型 样本量 样本纯度 备注
DNA/菌体 菌体样本:8g OD260/280 = 1.8-2.0
并确保DNA无降解,无污染
样品保存期间切忌反复冻融,
送样时请使用冰袋或干冰运输
扫描图基因组DNA:3μg
精细图基因组DNA:10μg
4、生物信息分析