1、产品类型
(1) 真菌基因组survey
构建Illumina PE(~400bp)文库,通过Illumina(Miseq/Hiseq)平台测序并进行de novo基因组组装,初步获得基因组序列和功能注释信息。
(2) 真菌基因组精细图
构建Illumina和Pacbio文库,通过Illumina和Pacbio RS II平台测序并进行de novo基因组组装,获得基因组精细图并进行深度生物信息挖掘。
2、技术参数
3、技术参数
4、生物信息分析
(1) 真菌基因组survey
构建Illumina PE(~400bp)文库,通过Illumina(Miseq/Hiseq)平台测序并进行de novo基因组组装,初步获得基因组序列和功能注释信息。
(2) 真菌基因组精细图
构建Illumina和Pacbio文库,通过Illumina和Pacbio RS II平台测序并进行de novo基因组组装,获得基因组精细图并进行深度生物信息挖掘。
2、技术参数
产品 | 测序平台 | 测序策略 | 组装指标 | 适用范围 | 项目周期 |
---|---|---|---|---|---|
真菌Survey | illumina Hiseq | PE150文库 100X | / | 大量菌株框架测序估算基因组大小评估组装难度 | 30天 |
真菌精细图 | PacBio RSII | 10K文库100X PE150 50X | 基因组<100Mb CN50*≥2Mb; 基因组≥100Mb CN50*≥500Kb | 少量个体精细组装 | 55天 |
样本类型 | 样本量 | 样本纯度 | 备注 |
---|---|---|---|
DNA/菌体 | 菌体样本:8g | OD260/280 = 1.8-2.0 并确保DNA无降解,无污染 | 样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输 |
扫描图基因组DNA:3μg | |||
精细图基因组DNA:10μg |
