ChIP-Seq测序

染色质免疫共沉淀—高通量测序(ChIP-Seq):是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因子、组蛋白修饰、核小体定位等表观遗传学的研究提供有效方法。

1、技术路线

2、技术参数
样本类型 样本量 样本纯度 周期 备注
DNA片段(200-1000bp) DNA:50ng ChIP效果检验合格 后的样本 45-55个工作日 样品保存期间切忌反复 冻融,送样时请使用冰 袋或干冰运输
3、案例解读
研究背景:谱系分化因子 (GATA家族) 可以代替多能因子 (Oct4) 来完成细胞重编程过程,但其具体作用机制仍不清楚。通过 ChIP-Seq 技术对细胞重编程阶段进行分析。
研究结果:发现谱系分化因子 GATA 家族在细胞重编程过程中可以直接结合并激活 Sall4 的表达量,而非其他重要的多能性因子(如:Oct4,Nanog等)。通过数据挖掘揭示了 GATA 家族在细胞重编程过程中的重要作用机制。

参考文献
Shu, J. et al. GATA family members as inducers for cellular reprogramming to pluripotency. Cell Res 25, 169-180, doi:10.1038/cr.2015.6 (2015).