Lnc RNA测序

生物体内存在着大量的非编码RNA,研究表明它们具有重要的调控功能,其中lncRNA作为非编码RNA的明星分子迅速成为了研究的热点。lncRNA是一类长度大于200 nt的非编码RNA,广泛存在于各种生物体内,能够在表观遗传、转录以及转录后等多种水平上对生命活动进行关键性的调控。lncRNA测序是通过高通量测序技术及生物信息学方法在整体水平上揭示样品中lncRNA及mRNA的全面信息的研究方法

1、产品类型
(1) 医学癌症肿瘤诊断(人、小鼠)
     lncRNA在人类疾病的发生发展过程中扮演着重要的角色,通过lncRNA测序对癌症样品的lncRNA及mRNA相关信息进行深入挖掘,同时结合miRNA测序,进行三者的关联分析。对于阐明疾病发生机制,进一步应用于临床诊断和药物研发等领域具有重要的参考价值。
(2) 农学应用
     lncRNA是一类非常重要的转录调控因子,对农作物,水产动物及林业植物等的lncRNA进行深入研究能够帮助我们更好地解决这些生物的生长发育,产量品质,抗病机制及遗传育种等问题。
2、技术路线
                                                     
3、技术参数
样本类型 样本量 样本纯度 周期 备注
RNA 动物组织:>2g OD260/280=1.9-2.2,RIN值≥7.5,28S:18S≥1.0,确保RNA无降解 35-40工作日 样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输
植物组织:>4g
5-10K大片段MP文库:40µg
细胞培养:1X107
血液样品:≥2ml
4、案例解读
Lnc RNA 表达谱揭示肠道组织微生物群的分子特征
研究背景:肠道微生物群可以影响宿主的生理、代谢、营养和免疫力而被称为隐藏的器官。肠道微生物群的形成主要由于环境和基因效应的作用,以前的研究焦点在于编码蛋白的基因,而长链非编码与肠道微生物群之间的联系很少有报道。通过外显子芯片技术和 Lnc RNA 表达谱技术探索肠道微生物群形成过程中 Lnc RNA 表达之间的关系。
研究结果:成功鉴定出传统小鼠和无菌小鼠之间 Lnc RNA 表达差异,研究证明在肠道中的不同的微生物群其 Lnc RNA 表达谱不一样。


共生的微生物群,大肠杆菌(大肠杆菌),或大肠杆菌表达胆汁盐水解酶(E.coli-BSH)调节的 lncRNAs图谱以及传统和无菌小鼠之间LncRNA差异表达
参考文献

Liang, L., Ai, L., Qian, J., Fang, J. Y. & Xu, J. Long noncoding RNA expression profiles in gut tissues constitute molecular signatures that reflect the types of microbes. Sci Rep 5, 11763, doi:10.1038/srep11763 (2015).